تزخرُ إمارةُ الفجيرة بتنوعِ الحياةِ الفطرية في المسطحاتِ المائية والتي تُعدُّ جُزءًا حيويًا في استدامةِ البيئةِ البحرية.
هذِهِ البيئةُ تحتضنُ أنواعًا من الشعابِ المرجانية يصلُ عددُها حوالي مئةٍ وثلاثينَ نوعاً، وضمنَ خمسِ محمياتٍ بحرية هي ضدنا، ورأس ضدنا صناعية، والبدية، والعقة، والفقيت، وجزيرة الطيور، تختلفُ أنواعُ الشعب المرجانية، منها: شقائق النعمان ونجم البحر والمرجان الريشي ومرجان الفليفلة إضافةً إلى المرجان الورقي والسوطي.
وتعملُ إمارةُ الفجيرة على الاهتمامِ بالمحمياتِ البحرية، من خلال حمايةِ الشعاب المرجانية والصخور والأصدافِ الملونة من عملياتِ التجريف والممارسات الضارة، إضافةً إلى تنميةِ وزيادةِ التنوع في الحياةِ الفطرية باستخدامِ أجهزةٍ تعملُ على إعطاءِ تحاليلَ وقياساتٍ لنموِ الهائماتِ البحرية ودرجاتِ الحرارة إضافة إلى إسقاطاتِ الكهوف والمشدات الصناعية والتي تعدُ ملاذا آمنا وبيئةً خصبةً لنمو وتكاثرِ الكائناتِ البحرية.
كما سنت إمارةُ الفجيرة تشريعاتٍ وسياساتٍ للغوصِ في المحمياتِ البحرية والتجوال بواسطةِ الدراجاتِ المائية في هذه المحميات.
وتلعب المحمياتُ البحرية في إمارةِ الفجيرة دورًا بارزًا في البحوثِ العلمية، حيثُ تشهدُ إقبالاً من الباحثين وطلبةِ الجامعات لدراسةِ الأحياء، ومن أبرزِها دراساتُ التحليل الجيني لعيناتِ الأنسجةِ لافقاريات بحرية والتصنيف الجيني لتحليلِ الحمض النووي لشقائق النعمان ودراسات حولَ الشعب المرجانية والأسماك.